Kullanıcı bu bölüme ekranın sağ üst kösesinde bulunan 
butonu ile de ulaşabilir.
Sistem Ayarları'nda; Özlük Ayarları, İzin Ayarları, B2E, Kullanıcı Ayarları, Kod Ayarları, Performans Ayarları, Organizasyon Şeması ve Şirket Ayarları bulunmaktadır. Bir başka deyişle, IKWEB ve B2E-Çalışan Portali uygulamalarıyla ilgili tüm ayarlar bu bölümden yapılmaktadır.
Aşağıdaki parametrelerle, kullanıcı ekranları sadeleştirebilir, ekranda görünmesini istediği alanları belirleyebilir.
Özlük Ayarları
Kullanıcı özlük sekmesinde görmek istediği alanları onay kutucuğunu işaretleyerek belirler.
Örneğin; Kullanıcı bu bölümde "Lise Bilgilerini Göster" onay kutucuğunu işaretlemezse, Özlük/Tahsil ekranında lise bilgilerini girebileceği alanlar kaldırılmış olur.
B2E
Kullanıcı B2E sekmesinde görmek istediği alanları onay kutucuğunu işaretleyerek belirler.
Mutlu Günler Aylık olsun mu? seçeneği ile B2E-Çalışan portalinde yayınlanan mutlu günler bölümünde günlük/haftalık/aylık mutlu günler görünümü seçilir.
Mutlu Günlerde Çalışanın Sadece Kendi Bilgilerini Göster onay kutucuğu işaretlenirse, B2E Çalışan Portalinde sadece çalışanların doğum günleri görünür, işaretlenmez ise, çalışanların yakınlarının doğum günü bilgileri sistemde kayıtlıysa, onların da doğum günü bilgileri görünür.
Devamsızlık İşlemlerini B2E Göster onay kutucuğu işaretlendiğinde B2E Çalışan Portali menüsünde bulunan izin işlemleri görünecek, işaretlenmediğinde görüntülenmeyecektir.
Eğitim Talebini B2E'de Göster onay kutucuğu işaretlenirse, B2E Portali ana menüsünde Eğitim sekmesi görünecektir.
Bağlı Personel İzin Taleplerini B2E'de Göster işaretlenirse, amir olan çalışan, B2E Portaline girip, izin ekranlarına baktığında kendisine bağlı çalışanların izin bilgilerini görebilecektir.
Kişisel Bilgileri B2E'de Göster işaretlendiğinde, B2E Portali ana menüsünde "Kişisel Bilgilerim" görünecektir.
Portal Zaman Aşımı Süresi için dakika birimi cinsinden bir süre bilgisi girilebilir. Portal açıkken, fare hareket etmeden burada belirtilen süre geçtiğinde "Portal Zaman Aşımı" süresi uyarısı verilir ve portalden çıkış olur.
B2E Çalışan Portali ana sayfasında görünen portletler için ise görünsün/görünmesin/giriş yapınca görünsün seçenekleriyle düzenlemeleri yapılabilir.
B2E'de 'Tüm İşletmelerdeki' çalışanlara ait bilgiler görünsün. (Kim kimdir, mutlu günler, kim yok) Çoklu işletme altyapısı olan sistemlerde, çalışan portalinde işletmeler arası bilgi paylaşımı olup olmaması yönünde düzenleme yapılmaktadır. Örnek olarak bu parametre işaretlenirse, B2E'de bulunan kim kimdir alanında diğer işletme çalışanlarının da bilgileri gelebilir.
Değerlendirme Formuna, Diğer Değerlendiricilerin Değerlendirme Sonuçları Otomatik Gelsin: Ayarlardan yapılan seçime bağlı olarak; performans değerlendirme formu amir tarafından açıldığı zaman, çalışanın girdiği değerlendirmelerin seçili olarak gelmesi sağlandı.
B2E'de Organizasyon Şeması kimden başlasın: Çalışan portalinde organizasyon Şemasının başlangıç noktası ayarlanmaktadır.
B2E hangi dille açılsın: Çalışan portalinde çoklu dil desteği sağlanmaktadır. İngilizce seçildiğinde çalışan portali tamamen İngilizce gösterilecektir.
Organizasyonel yetkilendirme kısmına tıklandığında ana bölge-alt bölge-bölüm-departman-birim-pozisyon kırılımlarında aşağıdaki listede gelen kısımlara yetki verilebilmektedir.
İzin Ayarları
Bordroya aktarılmaya izin verilecek minimum gün sayısı, izin bakiyesi içinde bulunulan yıl eklenerek gösterilsin, İzin Hesaplama Şekli bilgileri bu bölümden düzenlenir. 
İzin Talebinde Üst Amire de Mail Gönderilsin: İzin talebinde üst amire bilgi maili gönderilmesi istendiğinde bu parametre seçilmelidir.
İzin formu basımı ne zaman yapılabilsin: İzin talep formu basımının ne zaman yapılacağı seçilir.
İzinleri bordroya otomatik aktar: Bordro Plus uygulamasına izinlerin otomatik aktarılıp aktarılmayacağı bu seçenek ile seçilir.
Şirket 
Şirket Adı: Kullanıcı şirket adını bu kısımda girer. Buraya girilen şirket bilgisi aynı zamanda Organizasyon Şeması nda görünür.
B2EUrl: İzin onay maillerinde mail içeriğinde geçen URL bilgisi girilir. Mail içeriğinde ".. izin işlemleri tamamlamanız için http://... (http://.../). adresinden çalışan portaline giriş yapmalısınız" gibi geçebilecek bir ifadede kullanılacak URL'dir. IKWEB in kurulu olduğu makina adı veya IP adresi/ IKB2E/B2E/Home/Default formatında tanımlanabilir.
B2E Haberler Url : Sayfam da ve B2E sayfalarında yayınlanan haberlerin yayımlandığı RSS linki girilir.
İzin Bilgisi E-posta Gönderen Adresi: İzin onay mailerinde mail gönderen adresinde görünmesi istenen adrestir.
Personel Talep Formu E-Posta Gönderen Adresi: Çalışan talep işlemlerinde giden maillerde gönderen mail adresi kısmında görünmesi istenen e-posta adresi bilgisidir.
Genel Gönderimde Kullanılacak E-posta Adresi: Şirket adına gidecek herhangi bir mail gönderimde, gönderen mail adresi olarak görünmesi istene e-posta adresi bu bölümden belirlenir.
Kullanıcı Yaratımında Otomatik Şifre Oluştur: Kullanıcı yaratmada otomatik şifre oluşturulmasını sağlamaktadır. Bu parametre seçildikten sonra şifrenin kullanıcılara erişimi aşamasında çalışanların iş e posta tanımları girilmiş olmalı ve Araçlar/E-Posta Sunucu Ayarları üzerinde modül olarak "Genel İşlemler" seçilerek çalışanlara gidecek mailin içeriği yapılmış olmalıdır.
Kullanıcı Eşlemede Yeni Şifre Oluştur: Kullanıcı eşleme esnasında yeni şifre oluşturmayı sağlar.
Kod Ayarları
Kod grupları rapor oluşturmayı kolaylaştırır. Örnek vermek gerekirse; Kullanıcı Kod1 Adı = ÜRETİM olarak belirler.
Eklediği verilerde Kod Adı'nı ÜRETIM seçer. Kullanıcı böylelikle sadece ÜRETİM grubundaki verilerle ilgili rapor çekebilir.
Kullanıcı Ayarları
Nümerik Seçim: Sayisal veri girişinin yapıldığı alan anlamına gelir.
Sözel Seçim: Sözel veri girişinin yapılabileceği anlamına gelir.
Duyuru Eklenince Çalışanlara Mail Gönder: Duyurular tüm çalışanların görebileceği şekilde olabileceği gibi, belirlenen bir yetki grubuna da bağlanabilmektedir. Bu sebeple, yeni evrak /duyuru eklenince; ilgili yetki grubuna bağlı çalışanlara (yetki grubu yoksa o işletmedeki tüm çalışanlara) mail gönderilmesi için bu parametreler işaretlenmelidir.
Evrak Eklenince Çalışanlara Mail Gönder: Evraklar tüm çalışanların görebileceği şekilde olabileceği gibi, belirlenen bir yetki grubuna da bağlanabilmektedir. Bu sebeple, yeni evrak / duyuru eklenince; ilgili yetki grubuna bağlı çalışanlara (yetki grubu yoksa o işletmedeki tüm çalışanlara) mail gönderilmesi için bu parametreler işaretlenmelidir.
Uygulamaya giriş yapılırken Java kullanılmasın: Java kullanılıp kullanılmayacağı seçilir.
Organizasyon Şeması
Organizasyon Şeması modülünde şema görünüm Ayarları bu bölümden yapılmaktadır. Şemadaki kutucukların içinde, çalışanlarla ilgili başka bilgilerin de görünüp görünmeme Ayarları yapılır.
Örneğin; Organizasyon Şemasında, her çalışanın bulunduğu ana bölge mutlaka şemada görüntülensin isteniyorsa, ilgili onay kutucuğu işaretlenmelidir.
Başlangıç Pozisyonunu göster parametresi ile organizasyon şemasında pozisyon kutucuğunun gelmesi sağlanır.
Her çalışan ancak bir pozisyonda yer alabilir parametresi ile sistemdeki bir çalışan birden fazla pozisyonda yer alıyorsa çoklu pozisyon desteklenmektedir. Bu işlem için bu parametre işaretlenmemelidir.
İşletme temelli olarak organizasyon şeması oluşturulsun parametresi ile çoklu işletme desteklenmektedir. Sistemde birden fazla işletme varsa ve her işletme için ayrı ayrı organizasyon şeması oluşturulacaksa bu parametre işaretli olmalıdır.
İkinci amir bilgisi girilebilsin parametresi ile çoklu amir desteklenmektedir. Bir çalışanın birden fazla amiri varsa bu parametre seçilmelidir. Bu parametre sonrasında atama işleminde "ikincil amir" sahası gelecektir.
Organizasyon tanım hiyerarşisi kullanılsın parametresi ile organizasyonel hiyerarşiden bağımsız şema oluşturma desteklenmektedir. Organizasyonel birimler birbirine bağlı oluşturulmamış ise, örneğin alt bölge tanımı yaparken bağlı olduğu ana bölge tanımlanmadan bu tanım oluşturulmuşsa ve şemada bağımsız tanımlanan organizasyonel birimler kullanılacak ise bu parametre seçilmemelidir.
Organizasyonel tanımlar için 'Çoklu Dil Desteği'ni kullan: Organizasyonel tanımlar içerisinde bulunan ana bölge-alt bölge-bölüm-departman-birim-pozisyon tanımlarının İngilizce karşılığı olan tanımlarının yapılabilmesi ve uygulama İngilizce dilinde kullanılırken bu tanımların otomatik olarak gelmesi sağlanmaktadır.
Performans Ayarları
Hedef Bazında Ağırlık Girişi: Performans modülünde hedef grup bazlı ağırlıklandırmanın yanı sıra, her grup içindeki her hedefin ağırlıklandırılabilmesi için bu parametrenin işaretli olması gerekmektedir. Performans değerlendirmede her bir soru detaylı olarak ağırlıklandırılabilir.
Performans Son Onay'da Süreç Yönetimini Kullan: Performansın son onay sürecinin Tanımlamalar/Onay/Onay Süreçleri nde belirlenen sürece göre çalışabilmesi için bu parametre işaretlenmelidir.
Değerlendirilecek Kişi Atamasında Şablon Seçimi Zorunlu: Performans değerlendirilmesi yapılırken tanımlanan şablonlar kullanılsın mı yoksa kullanılmasın mı seçenekleri seçilebilir.
Hedeflerin Onaylanması: Hedeflerin kimler tarafından onaylanacağı seçilir.
Amir değerlendireceği kişinin değerlendirme notlarını görebilsin: Amirin kişiye verilen notları görebilir.
Üst amir, diğer değerlendiricilerin sonuçlarını görebilsin: Üst amirin kendisine bağlı amirlerin çalışanlarının da notlarını görebilmesi sağlanır.
İşçi Sağlığı Ayarları
İşçi sağlığı ekranlarında geçen, muayene eden bilgisi alanına otomatik olarak login olunan kullanıcının isminin gelmesi sağlanmaktadır.
Avans Ayarları
Maaş avans taleplerinin parametreleri tanımlanır.
Maaş Avansı Kullanımı: Uygulamada maaş avans talebi kullanılacaksa bu parametre işaretlenir. Parametre işaretlenmez ise, menüde "Avans" alt menüleri gelmeyecektir.
Maaş Avans Ayın Kaçına Kadar Talep Edilebilir: Örneğin; maaş ayın 15'ine kadar talep edilecekse 15 değeri girilmelidir.
Maaş Avansı Limit Tipi: Limit tipi değer seçilir ise doğrudan TL üzerinden değer girilecek anlamına gelir. Oran seçilirse, maaşının en fazla belirtilen % üzerinden çalışan avans talep edebilir.
Maaş Avansı Limiti: Limit tipi değer ise, örneğin 1000 şeklinde kaydedilirse çalışanlar en fazla 1000 TL talep edebilir anlamına gelir. Limit tipi oran ise, çalışanın maaşının burada girilen oranı kadar en fazla avans talep edebileceği anlamına gelir.
Bir yıl içinde kullanılabilecek maaş avansı sayısı: Bir yıl içinde çalışanın kullanabileceği maaş avans sayısını belirtir.
Özel Rapor Ayarları
Kişisel Modülündeki özel raporlarım sekmesindeki, oluşturulması istenen raporların ayarlarının yapıldığı alandır. 
Doküman Arama Motoru Ayarları
Eklediğiniz dokümanlar içinde arama yapmanızı sağlayan bir bölümdür.
İlgili ekran bir proje için geliştirilmişti fakat şuan kullanılmamaktadır. 
Anket/Sınav
Anket yapıldığında kişilere e-posta atılması vb. işlerin yapılmasının sağlandığı alandır.