Sistem Yönetmeni bölümü firmaların açıldığı, çalışma dönem tanımlarının yapıldığı, kullanıcı, grup ve terminallerin tanımlandığı ve programı kullanım yetkilerinin belirlendiği bölümdür.
Buna göre Sistem Yönetmeni bölümünde; Terminal tanımları, Firma tanımları, Dönem tanımları, Firmanın değişik merkezlerdeki işyerleri ve ambarları, Terminallerde çalışan kullanıcılar ve bağlı oldukları grup tanımları kaydedilir. Programın değişik bölümlerinin kimler tarafından kullanılacağı belirlenir, yetkileri sınırlayarak gerek menü gerekse bilgilere ulaşımda güvenlik sağlanır, Kayıt numaralama olanağı ile ticari sistemde yapılan işlemlerde kullanılan fişler için firmaya özel numaralama şablonları tanımlanır. Ticari işlemlerde kullanılacak adres, banka kodları, ticari işlem grup tanımları, taşıma tipleri, vergi daireleri, fiyat endeks türleri, e-posta ayarları da Sistem Yönetmeni bölümünde kaydedilir.